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1989年，當蘇聯部隊撤出阿富汗之際，本·拉登返回沙特的家鄉。然而這時候所發生的事，令他感到震驚。

1990年當伊拉克部隊入侵科威特時，沙特國王法赫德拒絕了本·拉登所提的軍事援助計劃，轉而向美國求援。

沙特反對派領導人阿勒法基表示，本·拉登無法接受50萬美國士兵踏上沙特的神圣土地這一事實。

阿勒法基說：“這是他生命中的一個轉折點。當時他的想法是，這是對伊斯蘭使命的重大背叛，是沙特政權的一個歷史性的重大背叛。”

本·拉登于是前往蘇丹，支持其他穆斯林戰士，像是那些對抗埃及和阿爾及利亞政府的人。

埃及記者達爾維希表示，本·拉登在此扮演了后勤的角色。

達爾維希說：“本拉登并未提供任何意識形態上的鼓舞。他實際上所提供的，是一個財務和補給網，通過一個非常復雜的銀行和投資系統，從也門一直延伸到阿爾巴尼亞。”

1996年，蘇丹要求本拉登離境。當時被極端伊斯蘭組織塔利班剛剛控制的阿富汗，就成為他的最后一個避難所。

在阿富汗，本·拉登的地下勢力網卡伊達開始擴張。

調查本拉登勢力的作家福登說，這個組織的成員多達五千人，分布在大約25個國家。

福登說：“卡伊達是一個非常松散的聯絡網，由士兵、受過訓練的爆破專家以及各種支援者組成，包括一些財務提供者。他們接受本拉登的指示。盡管這個網絡似乎有許多層級的指揮，以及一個架構，但是情報機構很難破獲它。”