11月13日晚，日本首相鳩山由紀夫與到訪美國總統奧巴馬會談后，連夜飛赴新加坡參加亞洲太平洋經濟合作組織領導人非正式會議，而奧巴馬次日下午方離日赴會。兩國首腦會談，主人先走一步，留下客人獨自過夜，外交史上實屬罕見。何況，這件事發生在日本與美國這樣一對同盟伙伴之間就更讓人費解了。

其實，這正是一段時間來日美關系齟齬不斷的寫照。

10月下旬，美國國防部部長蓋茨訪日與日本外相岡田克也會談無果而終，碰了軟釘子之后公開恐嚇日本；而岡田克也則借日本參議院預算委員會開會時間沖突，取消訪美；美國奧巴馬總統則借胡德堡槍擊事件推遲訪日，而推遲訪日這一天還是日本明仁天皇即位20周年紀念日，奧巴馬又把訪問日程從將近48小時壓縮至24小時內，這讓日本民眾感到失望。

普天間美軍基地的爭執

日美關系現階段最大糾結就是沖繩普天間美軍基地搬遷問題。民主黨一直以沖繩地方負擔過重為由，主張改變自民黨政府2006年與美方達成的協議，不主張將位于沖繩縣宜野灣市的美軍普天間基地遷至該縣名護市，而主張轉移到縣外或國外。民主黨在今夏國會眾議院選舉中承諾，執政后將把普天間基地遷至沖繩縣外甚至國外，實現“緊密且對等”日美關系。路透社分析說，沖繩民眾眼下對鳩山政府已有不滿，民意將更不利于明年1月當地市長選舉；另一方面，如果向美國讓步，可能在執政聯盟和民主黨內部造成裂痕，進而導致部分選票流失，影響民主黨明年7月國會參議院選舉選情。

鳩山的態度的確讓美國感到焦躁不安。參謀長聯席會議主席馬倫說，普天間機場的遷移問題，不但影響美軍整編的大局，而且也影響著美國對日本提供安全保障的義務。馬倫的話說得有點過重，但是鳩山要削減“關懷預算”特別是要重新“審視”日美同盟，這不能不讓美國政府惱火。10月30日，美國國家安全委員會就奧巴馬出訪亞洲進行討論之后，還破例單獨召開會議討論了日本問題，說明日美之間的“摩擦”已經引起了奧巴馬政權的高度重視。

美國國防部部長蓋茨在10月下旬訪日期間，明確要求日本按原計劃轉移普天間基地，并稱沒有普天間基地的轉移就沒有駐日美軍的整編。日本外相岡田克也則明確表示：不能美國怎么說，日本就怎么做，日本至少要聽聽當地民眾的意見。這無疑是對美國說不。這在日美關系史上，是絕無僅有的。而訪日期間，蓋茨還表示，美國非常關注日本重新定義與美國同盟關系的做法以及日本在亞洲的外交政策。他警告日本新政府稱，如果日本違反與美國軍事同盟關系，接近正崛起的中國，將面臨嚴重后果。蓋茨在結束訪日前，就普天間機場轉移問題對日本發出了強烈警告，稱普天間基地若無法順利搬遷，當地8000名美軍轉移至關島的計劃就難以實施，也就不可能把基地土地交還給沖繩，要日本政府三思。