（二）農民專業合作社自身建設不完善

一是農民專業合作社組織不健全。目前農民專業合作社中，在農業主管部門備案和民政部門登記的為非法人組織和非贏利性的社團法人，無營業執照，不從事生產經營活動，一般無法承擔法律責任。在抽樣調查的合作組織中，絕大多數屬于松散型組織，組織不健全是主要問題。例如大石鄉西湖家禽養殖農民專業合作社的運作主要是帶領社員開展生產經營活動，合作社本身所產生的現金流較少。盡管這些農民專業合作社理論上可以承擔債務責任，但由于組織不健全，其運作主要是社員之間的協作關系，實際上不具備獨立承擔債權債務的能力。

二是大多數農民專業合作社不從事實體經營。在調查中發現，大多數農民專業合作社不從事實體經營，而只是充當合作社內部龍頭企業與農戶成員間的橋梁與紐帶作用，為農戶提供一些技術指導或市場信息服務。這些合作社的成立一般是在龍頭企業的倡導下，為其成員之間提供協作的協調機構，主要是為了便于管理和銷售。合作社本身不具有穩定、連續的經營業績。

三是農民專業合作社公司章程不規范。60％以上的合作社沒有工商登記注冊，沒有規范的公司章程。目前依附于龍頭企業的合作社，功能發生了變化，從農民合作社變成企業的代理人，“民辦、民有、民管、民受益”的合作制原則不能很好的體現，這樣既不利于廣大農民利益的維護，也不利于合作社的長期穩定發展，信貸風險難以規避。當前農民專業合作社還沒有建立一套適應市場經濟的管理機制，缺乏有效的民主管理與監督機制。專業合作社財務管理制度落實不到位，收益分配和資金使用不規范。

四是農民專業合作社難以維護農民利益。在調查中發現，在合作社中農戶始終處于弱勢地位，很多的農民專業合作社雖有公司章程，但其理事會、監事會流于形式。這樣既損害了農民的積極性，也導致農民專業合作社沒有信貸審核的基本條件。多數農民專業合作社偏離了國家鼓勵發展農民合作社、促進農民增收的初衷。以太湖縣嘉絲利蠶業農民專業合作社為例，法人代表與其內部的龍頭企業的法人代表為同一人，這樣在財務管理、利潤分配上難以做到公開、公平。合作社缺乏自主經營權，產品銷售價格、產品生產標、原材料采購成本等方面均由龍頭企業控制，甚至有合作社由龍頭企業控股，龍頭企業可以隨意決定合作社的收益水平。這樣農民利益難以得到保障，收益的增減實質上由龍頭企業來決定。