其次，滯后的人員編制管理對深入推進(jìn)事業(yè)單位人事制度改革造成了極大困難。由于編制管理滯后，改革中產(chǎn)生了許多問題和矛盾。在崗位設(shè)置方面，如何解決工作所需的“編外”人員定崗，已經(jīng)成為設(shè)崗工作的一大難題；在人員聘用方面，由于編制額的限制，許多單位合理的人員招聘受到限制；在工資報酬上，“編內(nèi)”與“編外”人員同崗不同酬的現(xiàn)象十分普遍，有的同崗不同酬的差別達(dá)到了1倍甚至數(shù)倍，內(nèi)部職工福利待遇也有差異；在合同簽訂方面，“編外”人員合同簽訂極不規(guī)范，甚至不予簽訂合同，給規(guī)范用人，保障勞動者合法權(quán)益帶來很大困難；在職業(yè)發(fā)展方面，有的單位對“編外”人員設(shè)置許多發(fā)展限制，不考慮提職普升和職稱評定，等等。這些問題已經(jīng)嚴(yán)重妨礙了事業(yè)單位人事制度改革的順利進(jìn)行。

再次，滯后的人員編制管理可能影響到事業(yè)單位社會養(yǎng)老保障制度的順利實施，引發(fā)新的社會不公平。目前，事業(yè)單位工作人員社會養(yǎng)老保險制度改革試點正在啟動。試點過程中將不可避免地面臨如何解決事業(yè)單位眾多“編外”人員養(yǎng)老保險的問題。這其中如“編外”人員是否適用養(yǎng)老保險政策、單位是否為“編外”人員繳費、“編外”人員個人養(yǎng)老金依據(jù)什么計算等問題。由于許多單位對編制內(nèi)外人員實行區(qū)別管理和差別管理，因此，能否在養(yǎng)老保險政策上一視同仁，將是一個不可忽視的社會公平和基本民生問題。此外，由于因編制所產(chǎn)生的待遇差異問題，還不時引發(fā)上訪事件。

事業(yè)單位人員編制改革既面臨編制需要合理增加，又面臨編制需要合理減少的問題。如一方面，隨著城鄉(xiāng)一體化的推進(jìn)和外來務(wù)工人員的不斷增加，大多數(shù)沿海農(nóng)村醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)業(yè)務(wù)量急劇增長，但人員編制卻沒有得到及時擴(kuò)充，致使農(nóng)村醫(yī)療衛(wèi)生工作不能適應(yīng)新形勢需要。沒有空編，無法招聘人員；因為缺編，被迫普遍采取留用退休人員或者招收臨時人員。另一方面，隨著《公務(wù)員法》的出臺，行政編制收緊，事業(yè)單位編制成為緊俏“商品”，因而成為某些公權(quán)力掌握者權(quán)力尋租、違規(guī)用人的腐敗溫床。人情戶、關(guān)系戶等違規(guī)超編進(jìn)人現(xiàn)象經(jīng)常發(fā)生。