學者型智庫通過各類學術交流活動鼓吹“臺獨”理念，具有較強隱蔽性。2001年重組的“臺灣新世紀文教基金會”，“急獨”分子彭明敏于1994年創立的“彭明敏文教基金會”，就是此類智庫代表。

專業型智庫以研究專業領域對策為主，智庫成員在綠營上臺時頗受重用。培養島內眾多重量級政治人物的所謂“‘國策’研究院”，成立于1994年的“臺灣綜合研究院”，是此類智庫的代表。

“運動型智庫”具有較強民間自發性，成員結構復雜，擅以街頭運動鼓吹“臺獨”理念。其中，成立于2000年的“臺灣社”，標榜為“政治民主”奮斗的“臺灣教授學會”及由“臺獨”組織“手護臺灣大聯盟”演變而來的所謂“臺灣‘國家’聯盟”，是“臺獨”活動較為頻繁的“運動型智庫”。

“另類智庫”多數在2008年“二次政黨輪替”后成立，借助媒體力量宣揚臺獨”理念，攻擊藍營施政。呂秀蓮一手操辦的玉山媒體集團、前民進黨主席謝長廷成立的“臺灣維新基金會”、“急獨”分子辜寬敏成立的“綠色逗陣工作室”、前民進黨“立委”羅文嘉創辦的“二次黨外論壇”，是典型的“另類智庫”。

綠營智庫的特點

“臺獨”色彩濃厚是綠營智庫的根本屬性。其一，智庫領導層由“臺獨”分子把持。李登輝、陳水扁、呂秀蓮、游錫堃等分別創立智庫；“凱達格蘭學?！毕群笥衫吓啤芭_獨”分子陳師孟、李鴻禧任校長，“國策研究院”由前“臺聯黨”主席黃主文任院長，“臺灣智庫”延攬東吳大學政治系主任羅致政任董事、“臺灣GO GO GO辦公室”由臺北大學教授王涂發任董事長。