二零零六年，他更是針對陳水扁的貪腐弊案和領導作風，憤然宣布退出他有份參與創辦并灌注大量心血的民進黨。這樣一個無忮無求、看淡名位和私利的“圣人”，為何也要趟名利的混水，要參加“大選”？這究竟是他確是有意參選而由李登輝代為放出試探氣球，還是李登輝自己的一廂情愿？而且，由于林義雄已經退黨，而按民進黨《公職候選人提名條例》“凡本黨黨員除另有規定外，入黨連續滿一年者始得登記為本黨提名之候選人”的規定，要獲得民進黨提名為“大選”候選人，除了是必須具有一年以上的黨籍之外，還有一個“本黨黨員”的基本條件限制。日前才批評“民進黨沒有改變”的林義雄，是否會為了參選2012，而申請重新參加因被他批評為貪腐而退出、現在卻“沒有改變”的民進黨？

因此，從種種跡象看，盡管林義雄確是對民進黨內各“天王”為了爭奪名位而吵吵鬧鬧很看不慣并有所批評，也盡管林義雄月前進行環島苦行而預示著他可能會有“大動作”，但要他代表“沒有改變”的民進黨參選2012，可能性卻是不高。

有可能是他曾與李登輝談到對民進黨“沒有改變”的情況表達了憂慮而被李登輝所利用，也有可能是原本要醞釀籌組“第三勢力”并力推王文洋出選的李登輝，在王文洋已明確表態不選之下，另拱林義雄代表“第三勢力”參選。但正因為李登輝的語焉不詳，而對民進黨內各“天王”形成了震懾威力。

其實，林義雄如確是有心代表民進黨參選2012，并能解決黨籍問題而參加黨內初選以至是由黨中央征召參選的話，黨內各雄心勃勃的“天王”們是不敢潛越的。但是，林義雄在黨內輩份高、形象好，能夠懾服黨內各“天王”是一回事，倘他代表民進黨參選2012，能否令到民進黨獲得最大勝算，又是另一回事。