由于駐京辦直接為父母官服務，“責任重大”，且遠離派出地，因而財大氣粗，當地監管部門鞭長莫及，既管不著，也不敢管，甚至不想管，因為誰來北京都需要駐京辦幫忙。而駐京辦又普遍設立一大批服務場館和企業，經營管理關系扯不斷理還亂。久而久之，孳生的腐敗日益嚴重。據測算，大大小小駐京辦每年耗費公帑以數百億計。

在近幾年，駐京辦又多了一項任務，那就是“截訪”，阻攔遣返本省的上訪者。由于“上訪”與各地的社會穩定考評掛鉤，許多地方主官都給駐京辦下死命令，不惜一切代價截訪。

凡此種種，令駐京辦的名聲已經跌倒了谷底。中央此次在二○一○年初出臺紅頭文件，下決心規范駐京辦管理，既為規范行政，亦是呼應民聲。