眾所周知，坦克最大著彈部位是炮塔，99式主戰坦克在炮塔裝甲上下了大工夫，其防護性能十分出眾。在1997年冬季進行的低溫試驗中，99式坦克經受了14發105尾翼穩定脫殼穿甲彈的攻擊，沒有一發能夠擊穿它的前裝甲。

除了裝甲防護，99式主戰坦克在炮塔兩側擁有10具發射筒，可以發射煙幕彈制造煙幕干擾敵方。另外，將燃油噴入排氣管，99式坦克可以制造可持續4分鐘長達400米的煙幕。

披掛全套反應裝甲的99G型主戰坦克，最顯著的特征是炮塔前端加裝了外形類似德國豹IIA5坦克起安裝的楔形附加裝甲模塊，極大的增強了正面防護能力；炮塔兩側也進行了相應的強化。

99G型炮塔前端的楔形反應裝甲模塊

99G炮塔兩側的附加裝甲

99式坦克的動力系統采用WR703/150HB系列柴油機，這種發動機是從德國MTU公司MB870系列V型液冷柴油發動機的基礎上發展而來的，發動機輸出功率可高達1500馬力。對99式坦克超過50噸的戰斗全重來說，該發動機可以提供較高的機動性能。99式坦克采用了扭轉彈簧懸掛系統，最大公路時速可以達到70-80千米/小時，0~32公里加速時間僅為12秒，最大行程可達450公里。

但發動機及傳動系統的可靠性一直是我國坦克發展的瓶頸，99式坦克的發動機雖然距離西方發達工業國家的標準還有一定差距，但是相信隨著未來新一代大功率發動機的研制成功，這種差距將繼續減小。

99式身上裝有一顆源自德國的“心臟”：由著名的MTU公司的MB870柴油機發展而來的WR703/150HB柴油機為它提供了澎湃的動力。

在火力上，99式與M1A2基本相當，超過俄羅斯的T-90。火控系統方面，得益國內電子工業的進步，99式也達到M1A2的水平，遠超過T-90。但是M1A2升級至M1A2SEP后，在信息化方面仍強于99式，當然車載信息共享系統涉及到整個陸軍、乃至三軍作戰體系的聯網，進行單車比較并不適宜。

在防護方面，99式的防護力仍不如裝備了貧鈾裝甲的M1A2 ；因為采用鑄造炮塔，安裝了大厚度、大傾角的復合裝甲及附加裝甲，99式的炮塔正面防護應該優于T-90。在機動性能上，99式的功率重量比已超越M1A2，也遠優于T-90。但由于實際機動性能還要考慮傳動系統、懸掛系統的表現，這兩個系統一向是國產坦克的弱項，所以對99式的機動性能不宜估計過高。