戚繼光在臺州城防建筑史上還有個突破性的創造——空心敵臺。桃渚，于洪武二十年（1387）九月設千戶所并建城，因處于從海上進入臺州的咽喉之地，“為衛城府治之藩翰”，故亦是倭寇侵擾的重點。正統四年（1439）五月，數千倭寇分乘40多艘戰船突襲臨海桃渚，攻破城池，大肆搶殺。一時之間，“官庾民舍，焚劫一空，驅掠少壯，發掘冢墓，束嬰竿上，沃以沸湯，視其啼號，拍手笑樂。捕得孕婦，卜度男女，刳視中否為勝負飲酒。荒淫穢惡，至有不可言者。”桃渚城內外，“積骸如陵，流血成川，城野蕭條，過者隕涕”（明《國朝典匯》）。嘉靖三十八年（1559）四月，數千倭寇登陸臺州，一股倭寇圍攻桃渚城達七晝夜。戚繼光在消滅入侵寧海鑑溪的倭寇后，與時任浙江海道副使譚綸率兵冒著暴雨急行軍300余里，解桃渚之圍。四至五月，連捷于連盤、肯埠、章安、海門、金清、桃渚、昌埠、梅澳、南灣等處，徹底殲滅入侵之倭。五月，在再次解桃渚之圍后，進駐桃渚城，看到城池破敗，立即動員軍民大規模修復城墻。他以軍事家的眼光發現東北角和西北角“為藪澤，蔽塞不通”，成了死角。于是用官府空基易價作為費用，在兩角創造性地各修筑了一座空心敵臺，使桃渚“城上有臺，臺上有樓，高下深廣，相地宜以曲全，懸瞭城外，纖悉莫隱”（明·何寵《桃渚新建敵臺碑記》）。空心敵臺的修建，大大增強了桃渚城的防御能力。嘉靖四十年（1561），又在臺州府城策劃修筑了13座空心敵臺，為其晚年大規模建造北方長城空心敵臺開啟了先河。戚繼光創建空心敵臺，是其軍事實踐的一個偉大創舉，是對中國古代軍事建筑學的巨大發展，是軍事建筑史和城防史的重大突破。

倭寇在浙江受到戚家軍的痛擊后，把侵擾的重點轉向福建、廣東。朝廷先后任命譚綸為福建巡撫和兩廣總督，并命令擴軍后的戚家軍出兵閩粵。自嘉靖四十二年（1563）四月至隆慶元年（1567）四月，戚繼光與譚綸、俞大猷、劉顯、湯克寬等配合作戰，戚家軍歷經水陸大小五十余戰，攻無不克，戰無不勝，徹底消滅了侵犯福建、廣東的倭寇和勾結倭寇的吳平等部海盜。至此，日本各島的來犯者，才承認在中國冒險沒有便宜可占，因而逐漸放棄了繼續騷擾的念頭，東南沿海幾百年的倭患得以平息。

東南沿海倭患漸次平息以后，長期以來高懸在明廷頭上的“南倭北虜”兩把利劍，好不容易摘除了一把，朝廷便把主要精力放到整飭北方邊務，消除蒙古韃靼部落的襲擾上。

“北虜”問題，由來已久。洪武元年（1368），元廷退居漠北，此后由于與明朝的長期戰爭及內亂、內戰不休，元氣大傷，蒙古人逐漸喪失了進取中原的雄心。但在失去了原農業地區的支援和調節，單一的原始畜牧業和不發達的手工業使蒙古人的生活陷于困境。獲取漢地的物資成為蒙古部落的期盼。而朝貢和打仗都是獲取物資的手段，因而韃靼、互剌諸部及兀良哈三衛不斷襲擾明朝邊地，往往是大掠之后自動退兵，形成歷史上所謂的“北虜之患”。隨著明朝吏治腐敗程度的不斷加深，邊防力量漸趨削弱，“北虜之患”日益加重。嘉靖年間，韃靼諸部屢屢入犯，兵力動輒數萬，甚至數十萬，明王朝的腐敗軍隊根本抵擋不住蒙古人驍勇善戰的騎兵。二十九年（1550）六月，韃靼首領俺答率領所部數萬精兵犯大同、薊鎮，大破古北口入塞，一直攻到北京城下。而明軍不僅京營官兵毫無斗志，各路“勤王”之師也怯懦不敢戰，聽任韃靼軍隊在京師周圍肆意劫掠八日，滿載而去，史稱“庚戌之變”。

隆慶元年（1567），俺答數犯邊地，而土蠻亦同時入寇，進犯薊州，蹂躪昌黎、撫寧、樂亭、盧龍，使人民的生命財產遭受嚴重損失，邊境形勢極為嚴峻。朝廷商議對策，工科給事中吳時來提議調兩廣總督譚綸、福建總兵戚繼光、廣西總兵俞大猷到北方“專督練邊兵”。福建巡撫涂澤民則懇求：“戚繼光才猷超邁，忠勇性成，功勛茂著，八閩愛戴，如出一口。……蓋一日有閩即不可無此官，乞將戚某專心料理閩事”。兵部意見：“戚某與譚綸向在福建，文武相資，練兵御寇，立有成效，應取回京，共修戎政。”明穆宗朱載垕決定：“速召戚某同譚綸回京，訓練兵馬，以備緩急之用。”（《戚少保年譜耆編》（P197）戚繼光于隆慶二年（1568）二月任神機營副將；五月，總理薊、昌、保練兵事務，節制三鎮與總督同；三年正月，破例以總理兼任薊鎮總兵，鎮守薊州、永平、山海關等處。譚綸則于隆慶二年（1568）三月任薊遼總督；四年十月為兵部左侍郎，協理京營戎政；六年七月為兵部尚書，入掌兵部。戚繼光兼任薊鎮總兵后，在長期的親密戰友譚綸的極力舉薦和傾力支持下，在內閣大學士張居正（隆慶六年六月出任首輔）的高度賞識和極度信任下，開始了軍事生涯的又一次輝煌。