截止11月23日，福建累計1843例甲型H1N1流感確診病例，已治愈1549例，294例在接受治療，累計重癥病例5例。

11月23日至29日，9個設區市報告甲流確診病例613例，住院治療126例，其中重癥病例15例。

11月30日至12月7日8時，9個設區市報告甲流確診病例516例，住院治療145例，重癥病例30例，死亡3例(福州、三明、南平各報告1例)。

12月7日至13日，9個設區市報告新增甲型H1N1流感確診病例601例，住院治療187例，重癥病例71例，死亡2例。新增聚集性疫情38起，其中學校37起，醫院1起。

12月14至21日，9個設區市報告新增甲流確診病例527例，住院治療178例，重癥病例64例，死亡3例（福建醫科大學附屬第一醫院、廈門市中山醫院、莆田市第一醫院各報告1例）。

12月21日12時至27日，福建9個設區市報告新增甲型H1N1流感確診病例410例，住院治療124例，重癥病例65例，死亡2例，其中莆田學院附屬醫院、福鼎市醫院各報告1例。

2009年12月28日至2010年1月3日，全省9個設區市報告新增甲型H1N1流感確診病例327例，住院治療151例，重癥病例62例，死亡3例（福州肺科醫院、羅源縣醫院、泉州市第一醫院各報告1例）。

1月3日至10日，全省9個設區市報告新增甲型H1N1流感確診病例230例，住院治療112例，重癥病例38例，死亡3例（泉州、莆田、南平市各報告1例）。

1月11日至17日，全省9個設區市報告新增甲型H1N1流感確診病例210例，住院治療75例，重癥病例29例，死亡3例（廈門、泉州、莆田市各報告1例）。

截止1月18日福建累計報告新增甲流確診病例5277例，重癥病例379例，死亡19例。