張治中1939~1940年間曾任侍從室主任。他對蔣介石的高度集權深有體會：“蔣對軍隊的統率，向來采集權于一身的辦法，養成習慣已久，所以部隊將領就有一種反映：部隊接到蔣委員長電報，先看電尾是那一個機關主辦的，如'中正手啟'是要特別注意的，如是'中正侍參'（引者注：侍從室主辦的）也還重視，但如是其他部門主辦的電報，就要看情形來決定遵行的程度了。所以軍令部、軍政部甚至后方勤務部，有時為求命令有效，也要用'中正手啟'名義發電。這種個人集權、機構無權的特殊現象，壞處甚多，決難持久……我認為這是以后軍事失敗種種原因之一。”

蔣介石集事權于一身，卻又經常埋怨手下無人負責辦事。軍令部副部長劉斐私下與徐永昌議論時，即認為這種狀況“實由委員長自己造成，將領驕不受命，必委員長手令才有幾分幾的效率；派出人員必侍從參謀。此全系不運用組織，自毀機構能力”。

中央軍嫡系將領固然驕不受命，地方非嫡系部隊長官或因待遇不平，或出于保存實力的考慮，抗不遵命者常有之。長沙失陷后，蔣介石曾電令薛岳將第九戰區主力布守湘江以西，以拱衛西南大后方。薛岳拒不從命，聲稱必須固守湘東南，不讓日軍打通粵漢路與通往香港之海道。而據徐永昌等人揣測，“薛伯陵（引者注：薛岳）不欲至鐵道以西，其心叵測，蓋一旦有事，渠頗有劃疆自保之意。”

另據徐永昌日記，軍政部長何應欽感慨部隊整理之難，即如近在重慶之九十七軍軍長指揮不動其師長，言下唏噓不置。