海洋環境與漁業資源保護也扎實開展。我省對全省近岸海域、重點港灣、重點增養殖區等海域進行高頻率、高密度的定點定時監測，并及時發布監測信息。2006—2009年間共投入資金4366萬元，累計投放魚、蝦、貝16.35億尾（粒）；開展近岸海域環境整治和生態修復。目前，我省海域海洋環境質量保持良好狀態，近岸局部海域海洋環境質量惡化的趨勢開始得到遏制。

“十一五”期間我省水產養殖方式趨于多元化、養殖品種多樣化，養殖業產量和產值逐年遞增，形成“以養為主”格局。2009年，全省養殖產量達356.93萬噸。海洋捕撈向外海遠洋拓展，形成了一支具有較強能力的遠洋漁業船隊和遠洋漁業生產管理體系，遠洋漁業已從單一的過洋性遠洋漁業向大洋性遠洋漁業發展，并取得良好的生產效益。休閑漁業悄然興起，推出了“水鄉漁村”為標志的品牌，較好實現了漁業一、二、三產業的相互結合。

海洋與漁業對外開放度不斷提高。我省大力發展外向型漁業，取得良好成效。特別是臺商投資更為活躍，目前全省共有臺資水產企業525家，合同利用臺資8.77億美元。水產品進出口貿易不斷擴大。2009年，全省水產品出口37.64萬噸，創匯15.42億美元，占全省農產品出口創匯額的45.09%。

近幾年，我省還注重自主創新，推進一批重大海洋科技專項研究，不斷增強海洋事業發展的活力。建設“臺灣海峽及毗鄰海域海洋環境實時立體監測系統”，在全國率先建成海上立體實時監測網，率先開展13個主要海灣“海灣數模與環境研究”，為我省合理圍填海及環境保護提供科學依據和管理手段。全面開展海洋綜合調查與評價工作，對我省未來幾十年海岸帶和近岸海域的環境資源承載力進行科學的評價，摸清我省海洋“家底”。2006年以來，我省有7項成果獲得國家海洋創新成果獎，近20項科研成果獲得省科學技術獎。科技進步對漁業經濟增長的貢獻率2009年為58%。