1938年底，生活書店由武漢遷到重慶，這是他第二次赴渝。他將生活書店總管理處設在民族路冉家巷13號，生活書店是一個出版社，下面有書、有刊物和報紙。他對進步的東西，光明的東西，民主的東西有強烈的追求。他手里有出版社，又有刊物和報紙，發揮了巨大的能量。

鄒韜奮在重慶期間，經常跑的地方有兩處，一是周公館，二是圖書雜志審查委員會。在曾家巖50號周公館，鄧穎超有時還邀請鄒夫人沈粹縝。那時，周恩來和鄒韜奮常常在客廳里暢談。

圖書雜志審查委員會對生活書店的“審查”異常嚴厲。到1941年2月，除了重慶分店之外，生活書店在國統區內的50余家分店全部被當局封閉，所有職工被逮捕或遣散，鄒韜奮接連向國民黨政府提出強烈抗議。1941年2月23日，在第二屆國民參政會第一次會議開幕之前，鄒韜奮摔掉了國民參政員的烏紗帽，獨自南下香港。

1944年7月，韜奮先生因患癌癥在上海病逝，享年49歲。延安《解放日報》出版《鄒韜奮先生逝世紀念特刊》，毛澤東在特刊上發表題詞稱：“熱愛人民，真誠地為人民服務，鞠躬盡瘁，死而后已，這就是鄒韜奮先生的精神，這就是他之所以感動人的地方。”