閩北游擊縱隊的頻繁活動，擴大了黨在閩贛邊區的政治影響，引起了國民黨反動派的不安。福建省主席兼保安司令劉建緒令第三行政督察區保安副司令李樹功擔任閩贛兩省聯防司令，駐防崇安，專事“清剿”閩北游擊縱隊。同時還成立了“崇安縣勘亂建國動員會”，增設1個常備自衛中隊，以對付閩北游擊隊。此時，僅崇安一縣的敵“清剿”兵力就有省保安團1000余人、縣自衛隊289人、鄉團兵229人，此外還有特務小組和各保的壯丁隊。

閩北地委根據崇安等地區這一嚴峻的軍事形勢，果斷決定將閩北地委機關和游擊隊伍轉移到地廣人稀、敵人軍事力量相對薄弱的江西省上饒縣禹溪一帶開展活動；對于福建崇安、浦城等地的游擊區，采取在敵人并村時“并女不并男，夜并日不并，老并少不并，人并糧不并，皮白心不白，暗中發動群眾抗丁抗稅”和捕殺特務、惡霸的斗爭策略。

8月，閩北地委機關和游擊縱隊在國民黨的包圍尚未形成之前，相繼撤出崇安，繞道浦城縣山下鄉的坪陽村，轉移到石彼鎮的北坑。10月間，二分隊隊長吳木金在石彼被敵捕獲叛變，閩北地委機關和游擊縱隊迅速轉移到江西省上饒縣禹溪一帶。

11月上旬，閩北地委接到閩浙贛區黨委《閩浙贛人民斗爭特點與閩浙贛人民游擊戰的指示》(即“八二八”指示)。同月20日，地委在禹溪召開了閩北第二次積極分子代表大會，會期22天。會議目的主要是總結經驗，貫徹“八二八”指示。在對1947年的工作進行全面回顧后，確定了閩北愛國游擊戰爭的方針策略，即在領導上，必須依靠人民，堅持愛國統一戰線原則；在策略上，必須靈活運用，把合法斗爭、秘密工作與反特務斗爭相結合，戰勝敵人，發展自己。之后，閩北地委又接到閩浙贛省委《關于發動三十路游擊運動的指示》。根據這一指示，閩北游擊縱隊決定分成兩路活動：一部分隊員到浦(城)水(吉)松(溪)一帶恢復和開辟新區，一部分隊員和機關干部到上(饒)廣(豐)崇(安)邊區開展工作。