敦煌歷史悠久，文化燦爛，１９７９年對外開放以來，不斷吸引著來自世界各地的參觀者，可隨著游客的逐年增多，狹小洞窟和脆弱的壁畫開始不堪重負。如何破解保護與利用的矛盾，實現敦煌遺產永久保存，永續利用，成了樊錦詩日夜思考的問題。

“不能關起門來搞保護，人們應該享受這一珍貴而優秀的文化遺產。”敦煌莫高窟是中國首批列入《世界文化遺產名錄》的文化遺產，樊錦詩參加了申遺材料的準備工作，十分清楚世界文化遺產所承擔的社會責任。在她的積極倡導和推動下，保護與利用的矛盾正在解決，一個全新的“數字敦煌”正向人們走來。

２００８年底，敦煌莫高窟保護利用工程正式開工，這是莫高窟保護史上具有紀念意義的一天。樊錦詩不會忘記，一份她親自參與事關敦煌文物保護和可持續發展的政協提案，終于作為莫高窟保護史上規模最大、涉及面最廣的一項綜合性保護工程開始實施。

在這一浩大的保護利用工程當中，除崖體加固、風沙治理、安全保衛等基礎性工程外，還要利用現代數字技術，完成敦煌莫高窟１４９個Ａ級洞窟的文物影像拍攝、加工處理和數據庫建設，建設敦煌莫高窟游客中心，通過數字電影等現代展示手段，給觀眾提供了解敦煌文化、藝術和價值的全新視角。

為了保護敦煌遺產，又能更好服務游客，在樊錦詩的帶領下，敦煌研究院在全國的大型遺址中，還率先啟動了參觀預約制，并開展了游客承載量的研究。樊錦詩提出，要把敦煌莫高窟建設成為世界一流的遺址博物館，不斷增加收藏、保護、研究和展示與服務功能。

在同行眼里，樊錦詩不光是一位出色的文物保護專家和遺產管理專家，還是一名在國內外享有很高聲譽的敦煌學者。上世紀８０年代以來，在樊錦詩的帶領下，敦煌研究院全體科研人員在石窟考古、佛教美術、文獻研究等很多領域都取得了新成果，敦煌研究院已經成為國際敦煌學研究的最大實體，“敦煌在中國，敦煌學研究在國外”的歷史已經改變。

“國家的命運決定了莫高窟的命運，國家獨立了，國家強大了，國家發展了，我們的文物也就得到更好地保護了。”樊錦詩已經把自己的生命與敦煌融為一體，把一切的成果和榮譽歸功于國家和集體，在她的內心深處，心甘情愿，只想做一個“敦煌的女兒”。