受國務院委托，國務委員兼國務院秘書長馬凱向大會作關于國務院機構改革和職能轉變方案的說明。馬凱說，黨的十一屆三中全會以來，國務院機構經過六輪改革，形成了基本適應社會主義市場經濟體制的組織架構和職能體系。同時，現行行政體制仍存在許多不適應新形勢新任務要求的地方，國務院部門在職能定位、機構設置、職責分工、運行機制等方面還存在不少問題。這些問題，需要通過深化體制改革、完善制度機制特別是職能轉變加以解決。

馬凱指出，這次改革，要以更大力度，在更廣范圍、更深層次上加快國務院機構職能轉變，重在向市場、社會放權，減少對微觀事務的干預，同時改善和加強宏觀管理，嚴格事后監管。這項任務更加艱巨、更為復雜。

國務院機構改革的具體內容是：實行鐵路政企分開，完善綜合交通運輸體系，組建國家鐵路局和中國鐵路總公司；組建國家衛生和計劃生育委員會，提高出生人口素質和人民健康水平；組建國家食品藥品監督管理總局，提高食品藥品安全質量水平；組建國家新聞出版廣播電影電視總局，促進新聞出版廣播影視業繁榮發展；重新組建國家海洋局，推進海上統一執法；重新組建國家能源局，完善能源監督管理體制。改革后，除國務院辦公廳外，國務院設置組成部門25個。

國務院機構職能轉變包括六個方面的措施：一是充分發揮市場在資源配置中的基礎性作用；二是更好發揮社會力量在管理社會事務中的作用；三是充分發揮中央和地方兩個積極性；四是優化職能配置；五是改善和加強宏觀管理；六是加強制度建設和依法行政。

會議經過表決，通過了十二屆全國人大一次會議選舉和決定任命的辦法。

大會主席團常務主席、執行主席陳昌智主持會議。大會執行主席王三運、蘇榮、汪毅夫、張寶順、張毅、夏寶龍、殷一璀在主席臺執行主席席就座。