建筑設計：采用三層式上進下出形式

漳州南站建筑設計采用高架候車與線下出站的布局方式，旅客流線采取“上進下出”的形式，建筑層數從下到上為出站層、站臺層、進站層三層，建筑總高度約45米（從廣場地面標高算起）。

出站層設置地下出站廳、售票廳和行包用房。同時在靠近站房處設有出租車及公交車停車場，在站場投影范圍以外設有地下停車場，供市民停車。出站層的旅客通過樓扶梯與站臺層和地下停車場聯系。

站臺層是長度150米的帶狀進站廣廳。旅客在廣廳門口安檢后通過自動扶梯進入候車廳或直接進入基本站臺候車廳、母嬰候車及軍人、團體候車廳。進站廣廳內設售票廳、咨詢臺、商業服務等窗口。貴賓候車設于站房北部，單獨出入口，配備專用停車場，便于旅客使用。管理辦公用房設于站房南部，也設單獨出入口。

進站層主要是候車廳和服務區，站臺上方為進站天橋。候車廳分為南、北兩個，中間部分開敞，明亮、通透，不候車的旅客可通過這里直接進站。

一般旅客主要通過地面的北廣場進站，旅客進入主進站廣廳后，依照顯示屏指示，按車廂號選擇自動扶梯到所在候車廳。站房采用“綠色通道”進站模式，旅客可自由選擇進入候車廳或直接經“綠色通道”進站。這種“通過式”進站模式，滿足旅客便捷、高效的出行需求，是現代車站向“公交化”、“機場化” 發展的必然趨勢。

交通規劃：外通內聯 交通流線齊全

車站交通網絡的好壞關系到日常運營及旅客疏散問題。廈深鐵路漳州南站外部交通以七號路作為縱向景觀及交通主軸，南環城路為橫向交通主軸，形成“一縱一橫”的主路網格局。同時，多條站內道路與站房、公共交通車站以及停車場直接相聯系，主要解決站內各類車流與漳州南站各類交通的集散問題。

站區設置了各類交通流線。公交車停車場布置在廣場西側靠近出站口，方便旅客疏散。在廣場東側設置出租停車場，靠近出站口設上客點。供市民使用的停車場則安排在站房的地下層，泊位489個。貴賓車通過匝道進入站房東側的停車場，方便車進出基本站臺。長途停車場設置75個泊位，位于站前廣場西側，與南環城路連接，以單行方式組織車流。