5月27日，教育部發言人續梅在例行發布會上回應"南科大教改學生是否必須要參加高考"一事時提到"任何改革首先要堅持依法辦學，要遵循國家基本的教育制度，以制度來保障學生的合法權益"。 南方科技大學校長朱清時表示不認同。（5月29日 新安晚報）

教育部回應南科大45名教改班學生須參加高考，應該說是對南科大招生可信度的一次社會檢驗。盡管高考有這樣和那樣的缺點，但高考的公平性和高校招生的低成本是高考必須存在的客觀因素，其實高考的好處還不止這些，對于學生來說，高考能夠磨練他們的意志，可能對他們一生的成長都有好處，對于各學校來說，高考能夠提高基礎教育的水平，促進各學校規范辦學，不管怎么說高考制度能走到今天，并被廣大的人民群眾所認可，其最起碼的一點那就是，能做到在分數面前人人平等，就這一條普通老百姓就認可。

由于普通高考具有相當的權威性，所以各大學都希望根據高考分數錄取學生。盡管現在一些名校有自主招生的權力，但各學校自主招生的比例控制得還是比較低的，大部分招生還得依賴普通高考，按教育部規定，即使獲得了當年高校自主招生資格的學生也必須參加高考，只是可以降一定分數錄取罷了，為什么要這樣，就是為了確保公平，公信。試想，如果高考不用分數說話，誰還能保證老百姓的孩子能上自己心儀的學校，誰還能阻止得了一些招生腐敗現象的發生，盡管現在的高考制度有這樣那樣的弊病，但是只要你的孩子在高考中能考個好成績，孩子的大學夢，名校夢就一定能實現。

當前，南方科技大學走改革創新之路令人稱道，但不管怎么改，招優質生源，辦公平大學的方向不能改變，教育部要求南科大45名教改班學生參加高考，不是對南科大的招生改革設置障礙，是對南科大未來發展的呵護，南科大的改革發展令世人矚目，南科大的招生同樣令社會關心，朱清時作為南方科技大學校長和知名教育家，在學校招生問題上應當謹行慎言，不應當在"南科大教改學生是否必須要參加高考"這個問題上糾結，應當考慮的是如何吸引優秀學生報考南方科技大學，學校在招生時如何為全國的考生節約考試成本，如何最大限度地保證南科大招生的公信度，只有這樣，南科大的改革發展才能走得更好更遠。